Perspectiva-se que a sua origem histórica remonte alguns anos após a fundação do Real Convento e Seminário do Varatojo, estabelecida em finais do século quinze. A veracidade deste dado nunca foi posta em causa, já que existe uma ligação muito grande entre a Primeira Ordem dos Frades Menores e a Ordem Franciscana Secular, à altura denominada Ordem Terceira Secular, que tinha como nobre missão reavivar nas consciências a honestidade dos costumes e dos sentimentos cristãos de paz e caridade, destinada a homens e mulheres que sem deserção da própria família, pudessem levar a todos a mensagem franciscana e evangélica de paz e amor.

 

    

Foto: Convento do Varatojo

    Não obstante as dificuldades evidentes a nível da sua expansão e atividade, possuímos referências à Fraternidade de Varatojo, quer no átrio da Igreja no lado direito da portaria, em trabalho de azulejo, onde consta a seguinte mensagem: "Ao santo da Paz e da Fraternidade - A ordem Terceira de Varatojo - 1927", quer no próprio corpo central da Igreja onde consta o seguinte epitáfio: Aqui descansam os ossos do Reverendo Padre Frei António do Presépio, Missionário Apostólico e Guardião deste Seminário, onde faleceu a 29 de outubro de 1890. A venerável Ordem Terceira de Varatojo de que foi zeloso Comissário o fez trasladar de Torres a 19 de Janeiro de 1898.

    De referir que, os franciscanos seculares constituem uma verdadeira ordem na Igreja. Não formam mero movimento ou associação qualquer, mas uma ordem reconhecida como tal pela Igreja, que lhe apresenta uma forma de vida chamada Regra. A presente Regra é composta é composta por três capítulos e vinte e seis artigos e foi aprovada em vinte e quatro de Junho de 1978 pelo Papa Paulo VI. Nela está contida a forma de vida que os franciscanos devem observar e o testemunho que deverá estar sempre presente junto da realidade do mundo nos mais variados campos.

    Atualmente existem em Portugal 85 Fraternidades, agrupadas por 5 regiões, concretamente: Região Norte – 28 Fraternidades; Região Centro – 11 Fraternidades; Região Sul – 14 Fraternidades; Região da Madeira – 16 Fraternidades e Região dos Ações – 16 Fraternidades.

    A Fraternidade da Ordem Franciscana Secular de Varatojo faz parte da Região Sul e é composta por cerca de oitenta irmãos professos, dos quais apenas cerca de quarenta participam nos atos de fraternidade, circunstância a que não é alheia a elevada faixa etária em que a mesma se estrutura, bem como razões que se prendem com problemas de saúde de muitos irmãos. Graças à disponibilidade de alguns irmãos e o sentido evangélico e cristão de serviço que deverá constituir prioridade, tem sido possível orientar e dinamizar as obras sociais da Fundação Lar de São Francisco da Fraternidade, nomeadamente nas respostas Estrutura Residencial para Pessoas Idosas bem como no Centro Infantil da Sagrada Família.